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簡(jiǎn)介

分子動(dòng)力學(xué)(Molecular Dynamics，MD)模擬是一套分子模擬方法，是研究凝聚態(tài)系統(tǒng)的有力工具。通過(guò)分子動(dòng)力學(xué)模擬，研究者得到體系原子的運(yùn)動(dòng)軌跡，可觀察到原子運(yùn)動(dòng)過(guò)程的各種微觀細(xì)節(jié)。通過(guò)對(duì)研究體系的動(dòng)態(tài)模擬，我們能夠在分子水平上理解生物大分子的運(yùn)動(dòng)與生物功能、蛋白-小分子之間相互作用機(jī)理、納米材料分子的自組裝過(guò)程。分子動(dòng)力學(xué)模擬是理論計(jì)算和實(shí)驗(yàn)方法的有力補(bǔ)充，廣泛應(yīng)用于物理、化學(xué)、材料科學(xué)和生物醫(yī)藥等領(lǐng)域。

適合的研究方向包括：生物、生化、醫(yī)藥、醫(yī)學(xué)、藥物、高分子、食品、材料、環(huán)境等

可以計(jì)算的內(nèi)容包括：

蛋白三維模型搭建，如同源建模、從頭建模等

分子對(duì)接，如蛋白質(zhì)-小分子，核酸-小分子，小分子-小分子，蛋白-蛋白，蛋白-多肽，蛋白-核酸等

生物三維結(jié)構(gòu)分析，蛋白質(zhì)及核酸三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)，蛋白及核酸在不同pH、溫度、電場(chǎng)下的三維結(jié)構(gòu)變化等

動(dòng)力學(xué)研究，如生物體系的弱相互作用分析、受體-配體組裝過(guò)程、結(jié)合自由能分析，材料體系的高分子構(gòu)象預(yù)測(cè)、材料與溶液界面性質(zhì)，粗粒化模擬等

動(dòng)力學(xué)后數(shù)據(jù)分析，如回旋半徑(RMSF)、徑向分布函數(shù)(RDF)、擴(kuò)散系數(shù)、RMSD、各種能量分析、氫鍵數(shù)量分析、親疏水性分析等

藥物相關(guān)內(nèi)容，如藥物衍生物庫(kù)設(shè)計(jì)、虛擬篩選、成藥性預(yù)測(cè)、毒性分析、QSAR預(yù)測(cè)模型構(gòu)建等

常用軟件：Autodock、Desmond、Gromacs、Lammps、AlphaFold、RosettaFold等

常見計(jì)算內(nèi)容(不限于以下內(nèi)容)

自組裝

分子對(duì)接

分子動(dòng)力學(xué)模擬

軌道分析-RMSD

軌道分析-RMSF

作用力分析

分子-細(xì)胞膜作用